李滉主张“主理说”，认为“理是宇宙万物的根源，先有理，后有气”，弟子多是此前贬谪岭南（庆尚道）的士人，因此又被称为“岭南学派”；李珥则主张“主气说”，认为“气是构成万物的基本物质，理存在于气中”，追随者多是畿湖（京畿道、忠清道）儒士，因此也称“畿湖学派”。
学术上的分歧很快延伸到了政治上。岭南学派的年轻人，大多支持科举取士，认为官员应该通过公平竞争选拔，反对勋旧派的世袭制度；而畿湖学派的老儒们，则觉得官员任免应该循资历重考察，由上级层层选拔，这样才能保证吏治的稳定。
第一次朝堂争论，发生在宣祖即位后的第三个月。当时朝廷要选拔一批地方官，岭南学派的金孝元率先上书：“殿下，如今地方多是勋旧子弟，不学无术，欺压百姓。臣以为，当以科举取士，让有才能的人去治理地方，方能造福百姓。”
话音刚落，畿湖学派的沈义谦就站了出来，高声反驳道：“此言差矣！科举虽能选拔，可缺乏经验，到了地方，恐怕难以应对复杂的政务。不如让现任官员推荐下属，上级考察合格后再予以任命，这样既稳妥，又能保证官员的能力。”
“沈大人是怕年轻人抢了你们的位置吧！”金孝元毫不客气的回怼，“老臣，占着位置不干事，还不许年轻人上来，这难道就是所谓的为百姓着想？”
“胡言！”沈义谦气得脸色发红，“老夫为官三十年，治理过三个道，什么时候不干事了？倒是你们这些年轻人，个个只会纸上谈兵！”两人吵得面红耳赤，朝堂上的大臣也分成了两派，互相指责。
宣祖坐在上首，皱着眉头，却没说话。他刚即位，根基未稳，还不想得罪任何一方。
最后，还是李滉和李珥站出来，才平息了争论。
李滉说：“科举取士与循资考察，并非不可兼顾。可先让科举人才去地方实习，由资深官员指导，待熟悉政务后，再正式任命。”
李珥也点头附和：“皆是为了国家，何必争执不休？当以大局为重。”
争论虽然平息了，可裂痕已经出现。
东西党争的种子，就在这一次次的争论中，悄悄埋下了。
裴智彬听闻着朝堂上的混乱，心里五味杂陈。他恨士林派夺走了勋旧派的权力，可又觉得，这些士林派自己都吵得不可开交，或许正是勋旧派的机会。可他不知道的是，他的这点希望，很快就会被彻底打碎。
阿苏惟将此前为了打通与女真部落的贸易，通过林巨正去拜访女真部落首领，一次次谈判，一次次让利，终于达成了协议。女真部落提供药草皮毛，李氏朝鲜提供粮草农具，在图们江南岸渡口进行交易。
可就在阿苏惟将与裴智彬准备大展拳脚的时候，朝鲜新君宣祖却开始修建东北六镇了。
有鉴于，北部边境的女真部落频频寇掠，庆源、会宁等地百姓深受其害。大臣纷纷上书，请求修建城堡加强防御。宣祖采纳了这些建议，在图们江南岸设置会宁、富宁、钟城、稳城、庆源、庆兴六镇，还修筑了一条数百里长的城防，把整个边境都围了起来。
新修的长城像一条灰色的巨蟒，横亘在南岸，城墙上的士兵手持长枪，眼神警惕的盯着江北。这条好不容易打通的商路，就这样被一条长城给断了。女真部落的人还在江北等着，可林巨正与身边的物资却过不去。
林巨正想不到，原本负责维持商路的裴智彬，现在的处境比他还难。裴智彬当下正被士林派群起弹劾，有人说他滥用职权提拔亲信，有人说他收受贿赂私通倭寇。宣祖虽然没有立刻处置他，但也把他召进宫里，狠狠训斥一顿，让他往后闭门思过。
东北女真商路被断后，阿苏惟将的希望寄托在海上。李氏朝鲜的海防主要靠全罗道、庆尚道、忠清道三道水军，负责防御倭寇保护海上贸易。阿苏惟将之前和釜山浦打过交道，再加上星州裴氏和庆州崔氏的面子，对方也默许了他的海上贸易。
可没想到，宣祖即位后，连海防也收紧了。
三道水军接到上峰命令，加强对海上船只的检查，特别是对日本的往来船只，要逐一排查，不得遗漏。釜山浦会馆的人全部更换，新上任的是李滉的弟子，这些儒生对商人向来没什么好感，更何况是日本人，眼下更是连一丝一毫的通融都没有。
这下，阿苏惟将的海上商路，也断了。
更糟的是，原本正在朝鲜八道铺设的商路，也出了问题。
之前，靠着裴智彬的关系，得以在朝鲜八道铺设商馆，从汉城到釜山，从平壤到庆州，李氏朝鲜三都所在已然建设完毕。可现在，随着裴智彬的失势，士林派开始针对他的商馆。毕竟明宗靠着这条商路，当初可没少与他们联络花费。
阿苏惟将收到一封封急信，他坐在肥后国家中，看着桌上的地图，上面用红笔圈出的商路，已经被划掉了大半。他罕见的拿起酒杯一口喝干，辛辣的酒液烧得喉咙疼，却压不住心里的焦虑。
窗外的雨又下了起来，和他当初到朝鲜时的那场雨一样，冰冷刺骨。阿苏惟将走到窗边，看着城守阁下的街道，看着来来往往的行人，忽然觉得一切都不是那么重要了，眼下摆在自己面前的只有这一堆烂摊子。
阿苏惟将心里清楚，眼下他根本没有余地可以回转。李氏朝鲜东北的长城还在，海防的检查还在，裴智彬还在闭门思过，士林派还在争权夺利。他的商路，他的一切，都会在这场突如其来的改变中，渐渐沉沦。
而在日本国内，与大友家为了上洛而深陷伊予国不同，当下的浓尾霸主织田信长，将以摧枯拉朽之势，震惊日本！