刘毅赋诗道：“六国多雄士，正始出风流。”他这是自知军事武功不及刘裕，便故意显示自己文雅有余。后来在宰相府里聚众樗蒲赌博，一次判定输赢可达数百万钱，其余人都只掷出黑犊就退下阵去，惟有刘裕及刘毅仍在场上较量。刘毅依次掷出白雉，大喜，提起衣服绕过胡床，叫着对同座说：“不是不能掷得卢，不想如此罢了。”
刘裕讨厌他的轻薄，便两手抓起五枚色子揉搓了好久，说：“老兄尝试为你作答。”一会儿四枚色子都以黑面呈现，另一枚色子跳转不定，刘裕厉声吆喝，五枚色子俱黑成卢。刘毅心中十分不快，但向来皮黑，其面如铁色，而竟勉强自己和言对刘裕道:“我本知道明公不会就此相让!”出镇西藩后，虽然占据上流，享有统辖荆州大权，但朝内所有职权顿时失却，于是又颇为忌恨不满，因此打算扩充自己势力，伺机打垮刘裕，终于招致失败。
当初，江州刺史庾悦，隆安年间为司徒长史，曾到过京口。刘毅当时十分穷困贫寒，到庾悦府上借用东堂与亲友习射其中。而庾悦后来与同僚佐吏径直来到东堂，刘毅告诉他说:“刘毅困顿之人，会集一处习射游戏非常艰难。足下到其他堂房都行，希望今日务必将东堂让我借用。”庾悦不答应。习射者都走散离去，只有刘毅停留不走习射如故。以后庾悦吃鹅，刘毅请求得到未吃完之鹅,庾悦又不予理睬，刘毅因此常常怨恨，怀恨在心。义熙年间刘毅故意夺取庾悦的豫章郡，解散其军府，派人向庾悦表露他的用心，庾悦气愤忧惧而死。刘毅就是如此器量狭小性情浮躁。
刘裕在朝览表，一一允行，将军胡藩对刘裕说道：“公谓刘将军终为公屈么？”
刘裕沈吟半晌，方才说道：“卿意如何？”
胡藩答道：“统百万雄师，战必胜，攻必取，刘毅原愧不如公，若涉猎传记，一谈一咏，却自命为豪雄。近见搢绅文士，多半归附，恐未必终为公下！”
刘裕微笑道：“我与刘毅协同规复，功不可忘，过尚未着，怎得无故害人？”仿佛郑庄之待叔段。胡藩默然趋出。
刘裕复因刘藩讨伐逆党有功，擢任兖州刺史，出镇广陵。这个时候，刘毅在任遇疾，郗僧施劝刘毅上表，乞请调任刘藩为副帅。刘毅依言表闻，刘裕始有心防备刘毅，佯装依从刘毅之所请，召刘藩入朝。
而刘藩自广陵入京都，甫至阙下，即由刘裕饬令卫士，收捕刘藩下狱。
然后并向朝廷上请诏书，诬称刘毅兄弟，与仆射谢混，共谋不轨，立命一并把谢混拿下，与刘藩同日赐死。
晋安帝于是下诏说：“刘毅傲慢骄纵凶狠残暴，长期行走霜上而不警惕严寒冰冻将至，中间招致覆灭惨败，早应明正典刑处决示众。但晋法宽大仁厚，依旧受到宠信并授予要职。而刘毅不引咎自责，心怀不满日甚一日。幸赖宰相包容宽恕，使他随其心意而不加遏止，又推荐并帮助他经略西方重镇，使其光宠荣耀增长到极点，希望他能感恩戴德洗心革面，改过自新。而刘毅不思悔改，立志做行恶奸徒，欺上凌下,放纵无度。既已解除都督职任，江州不再归他统辖，而他竟擅自迁移部众，带走全部军资，指挥命令过去的部下，大树亲信党羽。豫州西府二局，文武将佐一万有余，刘毅将其全部强行留用，不曾向朝廷回报片言只语。恣肆骄纵，欲望膨胀，目无朝廷。又与其堂弟刘藩遥相呼应，招聚剽悍狡诈之徒，修缮战甲拥兵自重，外托看视兄长疾病，实则窥伺时机，同党相互帮衬,图谋统领荆郢之地。尚书左仆射谢混凭借家世资望，超格蒙受朝廷厚遇，竟轻佻浮躁，行为不检，造成了祸乱，煽动内外，与刘毅相勾结图谋不轨，是可忍，孰不可忍！”
刘裕于是一面自请讨伐刘毅，刻日召集诸军，仗钺西征。真是辣手。
授前镇军将军司马休之为平西将军荆州刺史，随同前往，且遣参军王镇恶，龙骧将军蒯恩，带领前队军士，掩袭江陵。王镇恶用轻舸百艘，昼夜兼行，伪充刘兖州旗号，直至豫章口，荆州人士，尚未知刘藩死状，总道是刘藩西来，绝不疑忌。王镇恶舍舟登岸，径达江陵。
刘毅探悉实信，急欲下关，已经被王镇恶闯入，关不及键，兵不及甲，顿时全城鼎沸。刘毅率左右数百人，驰突出城，夜晚的时候投靠佛寺，寺中僧人不肯收纳，无奈之下，仓猝自缢而死。
王镇恶搜得刘毅的尸体，枭首市曹，并将刘毅的所有子侄，一并杀毙。
越数日，刘裕军队至江陵，捕杀郗僧施，宥免毛修之，宽租省调，节役缓刑，荆州人民甚为大悦。遂留司马休之镇守江陵，自己则率领大军返回京师。
先是刘裕西行时，留豫州刺史诸葛长民，监太尉军府事，又加刘穆之为建威将军，使佐长民。诸葛长民听闻刘毅被杀，私语亲属道：“昔日醢彭越，今日斩韩信，恐我等亦将及祸了！”
诸葛长民的弟弟诸葛黎民献议道：“刘氏灭亡，诸葛氏岂能独免？宜乘刘裕未归时，速图为是。”
诸葛长民听了，犹豫未决，潜问刘穆之道：“人言太尉与我不平，究为何因？”穆之道：“刘公泝流远征，以老母稚子委节下，若与公有嫌，怎肯出此？”
诸葛长民意终未释，复贻冀州刺史刘敬宣书，有共图富贵等语。刘敬宣竟而把信寄与刘裕。
刘裕阳言某日入都，诸葛长民等逐日出候，并未见到，不意刘裕夤夜入府，除刘穆之外，无人得闻。
越日天晓，刘裕升堂视事，诸葛长民才得闻知，惊趋入门。刘裕下堂握着诸葛长民的手，屏退左右之人与语，备极欢洽。
诸葛长民方欲告别，忽然帐后突然冲出一个壮士，一把抓住了诸葛长民，把他勒死，舆尸付廷尉。而诸葛长民弟黎民、幼民，及从弟秀之，均遭到逮捕。诸葛黎民素来骁勇，格斗而死，幼民、秀之则被杀。
当时都下传语道：“勿跋扈，付丁旿。”看官道是何说？原来刘裕埋伏着的壮士，叫作丁旿。勒死诸葛长民，毙黎民，都是出自丁旿之手。
大众畏他强悍，所以有此传闻。丁旿亦典韦流亚。
这且休表。且说刘裕既而翦灭二憾，于是命朱龄石为益州刺史，令与宁朔将军臧熹，河间太守蒯恩，下邳太守刘钟等人，率军队二万人，前往讨伐西蜀。时人多谓朱龄石名望太轻，难当重任，刘裕独排众议道：“龄石既具武干，又练吏职，此去必能成功。诸君不信，待后便知！”另眼看人。当下召入朱龄石，密谈数语，且付一锦函，上书六字道：“待至白帝乃开。”
朱龄石持函走出京都，泝江西行。诸将听闻朱龄石受刘裕密计，究竟不知他如何进取，但一路随着，晓行夜宿。好容易到了白帝城，朱龄石于是披发锦函，但见函中藏有一纸，上面写着：
众军悉从外水取成都，臧熹从中水取广汉，老弱乘高舰，从内水向黄虎，速行不误。违令毋赦！
刘敬宣前些时讨伐蜀地，道出黄虎，无功而还。此次独令众军取道外水，明明是惩着前辙，改道行军。又恐蜀人预料，特令龄石派遣老弱，作为疑兵，牵制蜀人。复命臧熹从中水进兵，亦无非是分蜀兵势。伪蜀王谯纵，果疑晋军仍薄黄虎，急遣谯道福出守涪城，严防内水。那龄石已自外水趋平模，距成都只二百里，谯纵才得知晓。派秦州刺史侯晖，尚书仆射谯诜，率众士兵万余，出发屯守平模对岸，筑城拒守。
天适盛暑，赤日炎炎，朱龄石颇费踌躇，于是与刘钟秘密商议道：“今天天气正炎热，贼现依险固守，进攻很难夺取，徒使我军困顿。我要养精蓄锐暂时休战，寻找机会进攻，你看怎么样？”
刘钟听后，说道：“此计错了！我军以内水为疑兵，此前扬言你由水路进攻，所以谯道福不敢放弃涪城，现在大军逼近，出其不意，侯晖之徒已经吓破胆了。正可以趁势攻击，一定能战胜他。攻克平模之后，可以大张旗鼓向前进攻，成都一定能夺下来。如果缓兵相持，被对方探听到虚实，涪城守军再来，恐怕抵挡不住。进不能作战，退没有资财支援，两万多人都要被蜀中小子俘虏了，岂不可虑！”
朱龄石闻言，愕然道：“非君言，几误大事！”遂麾兵齐进，共集城下。
蜀人筑有南北城，北城倚山靠水，地阴兵多，南城较为平坦。诸将请先攻南城，朱龄石道：“攻坚难，抵瑕易，我能先拔坚城，贼众自靡，南城可以立取。这才是一劳永逸呢！”于是拥众攻打北城，前仆后继，半日即下。
侯晖谯诜，先后战死，蜀兵大败。朱龄石引兵趋南城，南城守卒，已经溃散，寂无一人。于是毁去二垒，舍舟步进。臧熹从中水趋入，阵斩蜀将谯抚之，击走蜀吏谯小苟，据住广汉，留兵戍守，自率亲军来会合朱龄石。两军直向成都，势如破竹。
谯纵迭接败耗，吓得魂飞天外，急弃成都出走。谯纵他女儿年仅及笄，涕泣谏纵道：“逃跑也一定不能逃脱，只是取得更多的侮辱，同样是死，可以死在祖先的墓旁。”
谯纵不听从，辞墓即行，女儿竟然撞死于墓侧。还是此女烈毅，可惜生于谯家。
谯道福听说平模失守，从涪城带兵赶来救援，谯纵前去投奔他。谯道福看见谯纵，大怒说：“大丈夫有这样伟大的功名事业，却把它丢弃了，你要回到哪里去！一个人谁能不死，怎么怕成这个样子！”于是把佩剑狠狠地向谯纵掷去，只是砍中了他的马鞍。谯纵只好离去，自己上吊而死，西蜀政权灭亡。巴西人王志将他的脑袋砍下来，送给朱龄石。
焦道福尽散金帛，犒赏军士，再拟背城一战，偏偏那些军士得了赏给，仍然散去。焦道福孑身远窜，为巴民杜瑾所执拿，也送到了朱龄石军前。朱龄石已经入了成都，搜诛谯纵亲属，余皆不问。及焦道福执至，因系谯氏宗族，亦枭首而示军门。
蜀尚书令马耽，封闭府库，留献晋军。朱龄石独将马耽流放至西南边陲越巂郡（今四川西昌地区。
马耽叹息道：“朱公不送我入京，无非欲杀我灭口，我必不免了！”求荣反辱，虽悔曷追？于是盥洗而卧，引绳自缢而死。
既而朱龄石使人来到，果然来杀马耽。看见马耽已死，戮尸归报。朱龄石驰书奏捷。诏命朱龄石进监梁、秦州六郡军事，赐爵丰城县侯。有诗咏道：
锦函授策似先知，外水长驱计独奇；
莫道蚕丛天险在，王师履险竟如夷！
朱龄石平定蜀乱，其谋划出自刘裕，当然叙功加封。欲知封赏大略，且至下节表明。
刘裕统一南方之战，结束了东晋中央羸弱，豪强士族割据的局面，巩固了中央集权，是刘宋王朝的立国之战。同时，它使内乱不稳多年的南方安定下来，对促进南方经济生产开发起着重大作用。自刘裕统一南方一直到南梁末年的侯景之乱的一百多年的时间内，南方基本相对稳定，未发生过大的影响生产的动乱。同时在北方少数民族政权尚未汉化，对南方虎视眈眈，而当时主要的汉族政权东晋自司马道子当政后上层统治的士族腐朽不堪，国力日趋衰退，随时有被“五胡”吞并的危险，刘裕统一南方建立一个强大稳定的政权对悍卫和延续华夏文明有重大贡献，其历史功绩不容磨灭。